Bien que le Zaïre soit rebaptisé République démocratique du Congo, le régime de Kabila s'avère aussi autoritaire que du temps de Mobutu. Le multipartisme est supprimé, une nouvelle constitution met le président à la tête des pouvoirs exécutifs, législatifs et judiciaire. Il est aussi le chef du seul parti autorisé (l'AFLD), de l'armée, de l'administration et de la diplomatie et choisit les ministres.
Le 26 juillet 1998, volte-face de Kabila qui rompt avec ces anciens alliés extérieurs : le Rwanda et l'Ouganda. Les deux pays déclarent la guerre à la RDC puis l'envahissent. C'est le début de la deuxième guerre du Congo, parfois appelée la Grande Guerre africaine24, en raison du nombre de pays belligérants et de morts. Terminé en 2003, c'est le conflit le plus meurtrier depuis la Seconde guerre mondiale. Il est pourtant peu couvert par les médias, sûrement gênés par la complexité du conflit25. Ne pouvant pas faire face à l'invasion, Kabila appelle les armées angolaise, zimbabwéenne et namibienne à l’aide. A Kinshasa, Didier Mumengi, ministre de l'information et porte-parole du gouvernement, lance le mot d'ordre de résistance populaire. Il invente le slogan "la Paix se gagne" et organise des "Forces d'Auto-défense Populaire" (FAP). Les envahisseurs se divisent entre le MLC (Mouvement pour la Libération du Congo) de Jean-Pierre Bemba soutenu par l’Ouganda et le RCD soutenu par le Rwanda.
Le président Laurent-Désiré Kabila est assassiné par un garde du corps le 16 janvier 2001. Son fils Joseph Kabila, 28 ans, lui succède immédiatement.
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