Surveillance génomique du SRAS-CoV-2 en République du Congo

Objectif
Nous avons effectué le séquençage du génome entier (WGS) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) à partir d’individus congolais échantillonnés entre avril et juillet 2020.

Méthodes
Nous avons criblé 96 échantillons pour SARS-CoV-2 en utilisant RT-PCR, et 19 échantillons avec des valeurs Ct <30 ont été séquencés en utilisant Illumina Next-Generation Sequencing (NGS). Les génomes ont été annotés et dépistés pour les mutations à l’aide de l’outil Web «coronapp». Par la suite, différentes lignées SARS-CoV-2 ont été attribuées en utilisant PANGOLIN et Nextclade.

Résultats
Onze génomes du SRAS-CoV-2 ont été séquencés avec succès et soumis à la base de données GSAID. Tous les génomes portaient la mutation de pointe D614 G et ont été classés comme faisant partie du clade GH. Les séquences du SRAS-CoV-2 congolais appartiennent à la lignée B1 et à la prochaine clade 20A et 20C, qui se sont divisées en grappes distinctes, indiquant deux introductions distinctes du virus en République du Congo.

Conclusion
Cette première étude fournit des informations précieuses sur la transmission du SRAS CoV-2 dans la région de l’Afrique centrale, contribuant à la surveillance du SRAS CoV-2 à une échelle temporelle et spatiale.

Article à consulter en entier sur: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S120197122100254X

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